В 1937 году сотрудники Воронежского УНКВД приступили к уничтожению последних христианских общин. «Управлением НКВД по Воронежской области, – писали они, – вскрыта и ликвидирована контрреволюционная церковно-монархическая организация на территории пяти районов Воронежской области... по которой арестовано 127 человек». Среди других 27 ноября 1937 года была арестована и Пелагия. Следователь в тот же день допросил ее.

– Вы арестованы за проводимую вами контрреволюционную пропаганду. Признаете себя в этом виновной? – спросил он.
– Нет, – ответила Пелагия, – виновной себя в этом не признаю, так как никакой контрреволюционной деятельностью не занималась.
– Следствие располагает данными, что вы на своих сборищах, кроме пения церковных песен, ведете контрреволюционную пропаганду. Признаете вы это?
– Нет, я этого не признаю, так как никакой контрреволюционной пропагандой мы там не занимались.
– Вы продолжаете врать следствию. Настаиваю на даче правдивых и исчерпывающих показаний.
– Я уже вам говорила, что никакой контрреволюционной пропагандой я не занималась; я виновата только в том, что выказывала недовольство колхозной жизнью, говоря, что если бы не было колхозов, то жизнь была бы лучше. Больше я ничего не говорила.
– Вам зачитываются показания свидетелей... уличающие вас в том, что вы в сентябре 1937 года среди колхозников вели антиколхозную пропаганду, при этом возводили контрреволюционную клевету на руководителей партии и советского правительства. Признаете себя в этом виновной?
– Нет, в этом я себя виновной не признаю.

Были вызваны штатные свидетели; одна из свидетельниц показала, что Пелагия во время разговора заявила ей, что вы, мол, детей рожаете, трудитесь, мучаетесь, а мы мучаемся тем, что нас треплет советская власть, коммунисты.

Несмотря на отвержение вины обвиняемыми, следствие, опираясь на показания свидетелей, сочло доказанным, что обвиняемые «являются активными членами ликвидированной контрреволюционной церковно‐монархической организации... которые проводили контрреволюционную деятельность, направленную на свержение советской власти вооруженным путем, путем организации террора над вождями ВКП(б) и советского правительства».

15 декабря 1937 года тройка НКВД приговорила Пелагию к десяти годам заключения в исправительно‐трудовом лагере.

В это время она начала слепнуть и, когда 16 января 1942 года после многих тюрем прибыла в Карлаг в Казахстане, то была уже совершенно слепой. Внешний мир померк для нее, и перед ревностной христианкой открылся простор для очей внутренних. Пелагия Жидко скончалась 26 июня 1944 года на участке Карлага Джартас и была погребена в безвестной могиле на лагерном кладбище