Тройка при УНКВД по Воронежской области приговорила его к 5 годам ИТЛ, после чего он был этапирован в Сусловское отделение Сиблага НКВД на лесозаготовки. В Сиблаге на отца Александра было заведено новое дело, вместе с архиепископом Серафимом (Самойловичем) и другими священномучениками он был обвинен как «участник контрреволюционной группы», в обвинении говорилось, что он «среди окружения проводил антисоветскую агитацию». 28 октября 1937 года тройка при УНКВД по Новосибирской области приговорила иерея Александра Лебедева к высшей мере наказания. Он был расстрелян 4 ноября 1937 года. Священномученик был прославлен Архиерейским Собором РПЦ в 2000 году.