После освобождения из заключения, с конца 1933 года иерей Феодор Богоявленский служил в Михайло-Архангельском храме села Средний Карачан Центрально-Черноземной области.
14 сентября 1937 года священник Феодор Богоявленский вновь арестован, по обвинению в антисоветской агитации, и посажен в тюрьму города Борисоглебска. 25 сентября 1937 года Особым Совещанием при УНКВД по Воронежской области священник Феодор Васильевич Богоявленский приговорен к расстрелу. 10 октября 1937 года священник Феодор Богоявленский был расстрелян. Погребен священномученик Феодор Богоявленский в безвестной могиле в окрестностях Борисоглебска.
27 июля 1989 года Прокуратурой Воронежской области священник Феодор Васильевич Богоявленский реабилитирован – посмертно по уголовному делу от 1937 года; 30 сентября 1989 года – реабилитирован по уголовному делу 1930 года.
Определением Священного Синода Русской Православной Церкви от 17 июля 2002 года священник Феодор Васильевич Богоявленский причислен к сонму Новомучеников и Исповедников Российских.
Память священномученика Феодора Богоявленского пресвитера Средне Карачанского совершается в день его блаженной кончины 27 сентября (10 октября), а так же во дни соборных памятей: Новомученников и Исповедников Российских – в ближайшее воскресение к 25 января (7 февраля) и Воронежских святых – 4 (17) сентября.

Примечание: В книге «Жития святых и жизнеописания подвижников благочестия Воронежско-Липецкой епархии. Прославленные святые (святители, преподобные и новомученики)». Книга первая. / под общей редакцией митр. Мефодия (Немцова) – Воронеж: Издательство Воронежско-Липецкой епархии, 2003. – С. 480. – случайно было опубликовано житие преподобномученика Феодора (Богоявленского), который не имел никакого отношения к Воронежской епархии, вместо жития священномученика Феодора Васильевича Богоявленского принявшего мученический венец на Воронежской земле.