Два священника, допрошенные сотрудниками НКВД 20 и 21 января 1938 года, согласились лжесвидетельствовать об отце Иоанне и подписали показания, в которых говорилось, будто он систематически вел антисоветскую агитацию и был готов в случае переворота в стране расстреливать коммунистов.
26 января власти арестовали отца Иоанна по обвинению в контрреволюционной деятельности и заключили в Таганскую тюрьму в Москве.
- Следствию известно, что вы, выражая свое недовольство советской властью, вели агитацию против советской власти... собирались принять репрессивные меры против коммунистов. Дайте по этому поводу показания! - потребовал следователь.
- Агитацией против советской власти я не занимался и не занимаюсь, - ответил священник. - Каких-либо репрессивных мер против коммунистов я не собирался принимать, этого факта не было.
Не зная, в чем обвинить священника, следователь, предложив ему высказаться самому, спросил:
- Скажите, по каким вопросам вы не согласны с мероприятиями, проводимыми партией и советской властью?
- С проводимыми партией мероприятиями я не согласен по следующим вопросам. Во-первых, что нашим детям не предоставляют одинаковых прав в учебе, а во-вторых, я считаю незаконной изоляцию духовенства, - ответил священник.
- Признаете ли себя виновным в антисоветской агитации? - спросил следователь.
- Виновным себя в антисоветской агитации я не признаю, - ответил священник.
11 февраля 1938 года Тройка НКВД приговорила отца Иоанна к расстрелу. 17 февраля 1938 года священник Иоанн Алешковский был расстрелян и погребен в безвестной общей могиле на полигоне Бутово под Москвой.