Вторично арестован в самом Карлаге 31 августа 1941 года по обвинению в том, что «систематически в июле-августе 1941 г. среди заключенных высказывал контрреволюционные измышления клеветнического и пораженческого характера, восхвалял капиталистический строй». Отец Измаил вину в предъявленном обвинении опять не признал.

5 ноября 1941 года священник Измаил Базилевский подал в Верховный Суд Каз. ССР Кассационную жалобу, в которой, в частности, говорил, что «…мне никогда не приходило на мысль проводить к-р агитацию, никогда я не был настроен против советской власти. Показания свидетеля з/к Захарова, что будто бы я говорил, что в нашей стране нет порядка, но я этого ему не говорил, а говорил, что многие рабочие недобросовестно относятся к порученному им делу, портят и воруют материалы и что это сказывается на производстве. Высшую администрацию в этом я нисколько не обвинял, а только высказывал желание, чтобы изменить это ненормальное явление… Прошу Верховный Суд обратить внимание на мою жалобу и назначить пересмотр дела, так как я себя виновным не считаю».

«Постоянная сессия Карагандинского Облсуда при Карлаге НКВД, в закрытом судебном заседании,в с. Долинка 4 ноября 1941 года, рассмотрев дело по обвинению, объявила священника виновным и постановила подвергнуть его высшей мере наказания— РАССТРЕЛУ».

Но и после этого «суда» отец Измаил соглашаться с вынесенным несправедливым приговором не собирался. Чтобы показать всем, что с ложью, даже если это кажется безнадежным делом, нужно бороться до конца, он еще раз (последний, окончательный) опровергает выдвинутые против него обвинения и опять подает кассационную жалобу в Верховный суд. Вполне естественно, что никакая жалоба не могла повлиять на вынесенный приговор.

Приговор приведен в исполнение 17 ноября 1941 года. Место погребения отца Измаила неизвестно.

Священномученик священник Измаил Базилевский (Измаил Карагандинский) канонизирован 20.08.2000 Архиерейским Собором Русской Православной Церкви.